پژوهشکده اعجاز قرآن دانشگاه شهید بهشتی از شهریور ماه 1386 فعالیت خود را آغاز کرده است. این پژوهشكده اولین پژوهشكده میان رشته‌ای در حوزه اعجاز قرآن بوده و در سه گروه اعجاز علمی، اعجاز لفظی و سیستم‌های قرآن فعالیت می‌كند. فعالیت‌های علمی پژوهشكده تحت نظر شورایی متشكل از 20 نفر از اساتید رشته‌های مختلف علوم تجربی، پایه، مهندسی، علوم انسانی و روحانیون متخصص علوم قرآنی انجام می‌شود تا همه علوم و فنون و دانش بشری به یاری فهم و درک این کتاب مقدس درآیند.